De acuerdo con la Entidad Superior de Fiscalización del Estado de Querétaro (ESFE), el Segundo Informe Semestral de Seguimiento 2025 señala que en 2023 las entidades con más observaciones fueron el municipio de El Marqués con 29; la Universidad Autónoma de Querétaro (UAQ) con 19; Tequisquiapan con 18 y Fideicomisos Promotor de Proyectos Económicos y Bienestar Social con 16.  En materia de sanciones, en 2023, en el municipio de San Joaquín se reportaron dos amonestaciones a servidores públicos; y en 2022 se confirmó una amonestación a servidores públicos en Jalpan de Serra y una en San Joaquín. En ninguno de los dos ejercicios se turnaron asuntos al Tribunal de Justicia Administrativa por faltas graves ni se identificaron resarcimientos de daños a víctimas por hechos de corrupción. En total, en 2023, se realizaron 50 auditorías a 37 entidades fiscalizadas, ocho menos que en 2022, cuando se practicaron 58 a 21 entes. Aunque disminuyó el número de auditorías, aumentó el alcance de revisión al pasar de 21 a 37 instituciones. Las observaciones crecieron de 156 en 2022 a 212 en 2023, es decir, 56 más. También aumentaron las que permanecen en proceso: pasaron de 38 a 113. En contraste, las sin respuesta bajaron de 33 a 30 y las concluidas disminuyeron de 85 a 69. En 2022, las entidades con más observaciones fue encabezada por el municipio de Pedro Escobedo con 21; seguido de Amealco de Bonfil con 15; El Marqués con 14; el Poder Ejecutivo del Estado de Querétaro y la UAQ con 13 cada uno; y Tequisquiapan con 10. Ese año, el municipio de Querétaro tuvo seis y Corregidora dos.  En recomendaciones se registró la mayor variación. En 2022 se emitieron 559 y en 2023 fueron 132, lo que representa 427 menos. También disminuyeron las recomendaciones sin respuesta, de 99 a 29; las concluidas pasaron de 325 a 77 y las en proceso de 135 a 26. En 2022, San Joaquín y Tequisquiapan encabezaron con 31 recomendaciones cada uno; en 2023 el mayor número lo tuvo Landa de Matamoros con 11. Corregidora se mantuvo con nueve tanto en 2022 como en 2023, mientras que el municipio de Querétaro bajó de siete a seis. La UAQ pasó de 18 a una. Respecto a observaciones sin respuesta, en 2022 se concentraron en Pedro Escobedo, Pinal de Amoles, Ezequiel Montes y Tequisquiapan. En 2023 se distribuyeron entre el Colegio de Bachilleres del Estado de Querétaro, Colón, Landa de Matamoros, Pedro Escobedo, Pinal de Amoles, Tequisquiapan, la Universidad Aeronáutica en Querétaro y la UAQ, lo que refleja un cambio en las entidades con pendientes.